首先，假设在合同中对于支付逾期购房款项所产生的违约责任有具体明确的约定，那么根据约定的内容进行计算便是理所当然的选择。在实际操作中，商品房买卖合同通常都是依据相应的合同范本来制定并签署的，而在绝大部分的情况下，这些合同都会对逾期支付购房款项所可能引发的违约责任做出明确的规定，比如，如果出现延迟支付购房款项的行为，就需要按照延迟付款金额的每日万分之五来支付相应的违约金。在这样的情况下，违约金的计算方式已经被清晰地列明出来了，因此我们应该严格遵守合同中的约定，按照既定的方式进行计算和执行。
其次，如果在合同中并未对违约金的具体数额或者计算方法进行明确的规定，那么我们可以按照未支付购房款项总额为基础，参考中国人民银行所规定的金融机构收取逾期贷款利息的标准来进行计算。

《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件的司法解释》第十七条
商品房买卖合同没有约定违约金数额或者损失赔偿额计算方法，违约金数额或者损失赔偿额可以参照以下标准确定：
逾期付款的，按照未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。
逾期交付使用房屋的，按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准确定。