能。

可以申请法院执行，但只限于查封。
1、自建房原始所有人(即“大产证所有人”)违法是可以被法院查封的。
2、自建房其他居住人违法是无法被法院查封的，
(1)自建房是法律所禁止出售的房屋；
(2)自建房无法办理房产证；
(3)居住人虽然花钱购买了房屋，但是无法办理产证，因此也就无法确认其所有权，故法院就难以查封的；
(4)但是，原始所有人是可以被查封的，因为有其房产证。
3、什么情况下法院会查封房屋法院查封房产的情形包括：
(1)恶意转移、变卖房产；
(2)诉前保全；
(3)执行案件中，暂无履行能力或其他可供执行财产的。

《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第六条
对被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，人民法院可以查封，但不得拍卖、变卖或者抵债。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二条
人民法院可以查封、扣押、冻结被执行人占有的动产、登记在被执行人名下的不动产、特定动产及其他财产权。
未登记的建筑物和土地使用权，依据土地使用权的审批文件和其他相关证据确定权属。
对于第三人占有的动产或者登记在第三人名下的不动产、特定动产及其他财产权，第三人书面确认该财产属于被执行人的，人民法院可以查封、扣押、冻结。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第二十九条
动产拍卖成交或者抵债后，其所有权自该动产交付时起转移给买受人或者承受人。
不动产、有登记的特定动产或者其他财产权拍卖成交或者抵债后，该不动产、特定动产的所有权、其他财产权自拍卖成交或者抵债裁定送达买受人或者承受人时起转移。