农村自建房由当地的规划建设局审批。
农村自建房审批办理程序：
1、建房户向村委会提出建房申请；
2、村委会审核同意，签字盖章；
3、向乡乡建办提出申请；
4、乡建办工作人员实地踏看，同意建房；
5、到乡建办领取房屋建设申请表；
6、经乡建办签字同意；
7、乡主管领导签字盖章，核实同意；
8、交县规划建设局审批（县行政服务中心）；
9、建房户领取产权证。

《中华人民共和国土地管理法》第十一条
农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。
单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权；
其中，中央国家机关使用的国有土地的具体登记发证机关，由国务院确定。