遇到这种纠纷的话最好的方法是起诉，法律问题用法律手段解决，胜诉后可以申请强制执行。
现在是两证合一的，是不动产产权证。
开发商在房产部门提供初始登记，是办房证的一个前提。
房地产开发企业应当协助商品房购买人办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续，并提供必要的证明文件。
双方签订的《商品房买卖合同》也约定，开发商应当在商品房交付使用后，将办理权属登记的资料报产权登记机关备案。

《城市房地产管理法》第44条
商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案。