小产权房有房产证能否过户，需要看具体的情况。如果房产证合法，买方有购买资格，双方可以到发证机关咨询能否办理过户。国家明令禁止小产权住房买卖，房管部门一般不会受理小产权住房过户申请。

《房屋登记办法》第三十二条
发生下列情形之一的，当事人应当在有关法律文件生效或者事实发生后申请房屋所有权转移登记：
（一）买卖。
（二）互换。
（三）赠与。
（四）继承、受遗赠。
（五）房屋分割、合并，导致所有权发生转移的。
（六）以房屋出资入股。
（七）法人或者其他组织分立、合并，导致房屋所有权发生转移的。
（八）法律、法规规定的其他情形。