股权代持协议有法律效力，只要不违反法律的强制性规定。
股权代持协议的主要目的是通过该协议实现隐名股东的投资目的。法律或行政法规可能禁止或限制隐名股东实施投资行为或投资于特定行业。如果隐名股东属于被禁止或限制实施投资行为的人，或者其拟投资的企业所在的行业属于法律或行政法规禁止或限制投资的特定行业，则股权代持协议可能被认定为具有非法目的。此时，尽管股权代持协议本身并不为法律或行政法规所禁止，但却可能因为其目的的非法性而被认定为属于“以合法形式掩盖非法目的”的行为，从而被认定为无效法律行为。股权代持协议是具有法律效力的，但是也会有一些风险。有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东。
《公司法解释（三）》第二十四条中规定，实际出资人和名义股东之间的代持股协议是有效的合同，出于保护实际投资人的投资权益，投资权益属于实际出资人，不属于名义股东。但值得注意的是，解释中也规定了名义股东是公司的合法股东，实际出资人想成为公司真正的股东，必须履行相关的股权转让手续，即需要过半数其他股东的同意。