1.重大决策的制定。
谁控制了董事会，就控制了公司，拥有对重大决策的制定权。
大股东可以很容易做到控制董事会。
通常，股东协议书可以有一个条款，规定一些特定的决策需要全体股东的批准。
这种规定可以保护小股东的利益。
2融资安排和股东给公司的贷款。
公司运作起来经常需要股东投钱进来，为了保障投钱股东的利益，可以考虑拿公司的资产来抵押给投钱股东，并且支付合理的利息。
3.股份转让条款，指一个股东想买断另一个股东时如何处理的条款。
一个常见的规定是，一方可以提出买断另一方股份的提议和出价，另一方有权决定接受还是拒绝。
如果另一方拒绝，则必须要反过来按原来的出价买断提议方的股份。
这种规定提供了对双方利益的保护和一个有效的股东退出机制。
4.股东离婚时导致股份被分割给配偶时如何处理。
可以考虑制定一个买断条款，公司有权买断转给配偶的股份。
5.股东有意外时，如死亡、残废时，如何处理。
新设立的公司入股协议一般包括1、拟设立的公司名称、住所、法定代表人、注册资本、经营范围及性质；
2、股东及其出资入股情况；
3、公司管理及职能分工；
4、盈亏分配；
5、转股或退股的约定。
6、协议的解除或终止；
7、违约责任等条款。

《公司法》第二十七条
股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；
但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。
对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。
法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。