存在如下几点差异之处：
首先是在票面上的体现，增值税发票作为可用于抵扣税额的凭证，专门印有“增值税专用”这一显著特征，其格式通常为三联；对比之下，普通发票上则会标注“增值税普通发票”的字样，通常只包含两联内容。
其次，针对发票使用阶梯的层面而言，办理了工商注册并具备增值税一般纳税人资格的企业有权领用增值税专用发票，但若为小规模纳税人，必须经过税务部门的批准，方可由当地的税务机关代为开具。
然而，普通发票的开具无论是对一般纳税人还是小规模纳税人来说都是通行的，甚至尚未办理税务登记的企业也可向税务机关申请领购使用普通发票。
再者，从款项记录的角度来看，增值税专用发票除包括普通发票应具备的名称、数量、价格等基本信息之外，还会详细标记出纳税人税务登记号、不含税金额、适用税率以及应缴纳的增值税额等重要数据。
最后，增值税专用发票的联数形式则分为四联和七联两种结构，其中一联为存根联，二联为发票联，三联为抵扣联，四联为记账联；
至于普通发票，则普遍采用三联设计，具体表现为第一联为存根联，第二联为发票联，第三联为记账联。
在这些差异中，大差异在于增值税专用发票的开具权利仅限于具备特定条件的企业，而增值税普

《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三条
发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查；
发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证；
记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。
省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。