个体工商户营业执照副本丢失，其注销方式：
1.先到当地的地市级以上报纸刊登遗失声明作废广告，声明这个丢失了的营业执照作废，遗失声明上需要注明营业执照的注册号，经营者，字号名称等内容。
2.然后拿着这份刊登了遗失声明的报纸和营业执照的副本，到当初办理营业执照的工商部门办理营业执照的注销手续。

《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第三十一条
市场主体因解散、被宣告破产或者其他法定事由需要终止的，应当依法向登记机关申请注销登记。经登记机关注销登记，市场主体终止。
市场主体注销依法须经批准的，应当经批准后向登记机关申请注销登记。