可以办理土地证。
如果分公司是总公司的全资子公司，那么就不会产生契税，如果不是，就还要交契税。

根据我国《城市房地产管理法》第三十九条
以出让方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当符合下列条件：
（一）按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书；
（二）按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的百分之二十五以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件。
转让房地产时房屋已经建成的，还应当持有房屋所有权证书。《公司法》第十四条
分公司与子公司
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。