摩托车非法营运的处罚规定如下：
其一，在一般情形中，会处以五百元以上二千元以下的罚款。
倘若情节较为严重，那就会被处以五日以上十五日以下的拘留，与此同时还要并处五千元的罚款。
其二，不仅如此，还会对违法所得进行没收。
倘若被依法扣留的摩托车用于从事非法营运活动，除了前面所说的那些处罚之外，每一辆摩托车还得被处以一千元的罚款。
其三，要是情节特别严重的话，可能会直接吊销机动车驾驶证，并且在一定的期限内是不能够重新取得机动车驾驶证的。
需要特别留意的是，具体的处罚标准其实是因地区的不同而有所差异的。
不同地区的交通管理部门会结合当地的实际状况来进行相应的处罚。
比如说在某些经济较为发达的地区，由于交通流量大、非法营运现象较为突出，处罚的力度可能会相对较大；而在一些偏远地区，可能会根据当地的具体情况进行适度的调整，以更好地适应本地的交通管理需求。

案情回顾:

小朱骑着摩托车非法营运，被交通管理部门查获。争议点在于小朱认为自己只是偶尔搭载顺路乘客，不应认定为非法营运，不应受到处罚，而执法部门认定其行为属于非法营运。

案情分析:

1、小朱从事摩托车非法营运，按照一般情形，应处以五百元以上二千元以下罚款，若情节严重，要处五日以上十五日以下拘留，并处五千元罚款。
2、其违法所得会被没收，若摩托车用于非法营运，除上述处罚外，每辆还得处一千元罚款。
3、若情节特别严重，可能吊销驾驶证且一定期限内不得重新取得，具体处罚因地区而异。