一般来讲，当车辆发生事故且伤者住院后，保险赔付的流程是这样的：
①首先，车主得立刻通知保险公司有关事故的发生情况，让保险公司知晓此事。
②接着，保险公司会迅速安排定损人员赶到现场，仔细查看车辆的受损程度以及伤者的具体状况。
③在伤者住院期间，医院会出具相应的医疗费用清单。
此时，车主或者伤者要把这些清单以及其他相关资料仔细地收集起来，并进行整理归类。
④然后，将整理好的资料提交给保险公司。
保险公司会依据保险合同的约定，对合理的住院费用进行严格的审核与赔付。
通常情况下，会先从交强险的赔付额度中进行扣除，要是住院费用超出了交强险的赔付范围，那么超出的部分就会在商业三者险的范围内，按照合同的约定来进行赔付。
⑤不过，如果存在免赔的情形，
总之，为了能够顺利地获得保险赔付，车主和伤者一定要确保提交的资料是齐全且真实的。

案情回顾:

小朱驾车发生事故致小李受伤住院。小朱通知保险公司后，保险公司派人定损。小李住院期间，医院出具费用清单。小朱与小李整理资料提交保险公司，保险公司审核赔付。但小朱车辆未年检，保险公司扣减赔付金额，双方就扣减金额产生争议。

案情分析:

1、小朱在事故发生后及时通知保险公司，履行了应尽的通知义务，这是保险赔付流程的重要起始环节。
2、保险公司按流程定损、审核，在小朱车辆存在未年检这种免赔情形时，依据合同约定扣减赔付金额是合理的。
3、双方争议的扣减金额问题，应根据保险合同具体条款来确定，若小朱对扣减不服，可进一步协商或通过法律途径解决。