内部承包协议无效后，结算一般遵循以下原则：
1.返还财产：
协议无效后，双方需返还基于该协议所取得的财产。
具体而言，发包方需将已收取的承包款如数退还给承包方。
例如，若发包方此前收取了承包方每年10万元的承包费，在协议被认定无效后，就应将这些费用全额返还。
同样，承包方也应返还在承包期间取得的资产，比如承包期间购置的特定设备等。
2.赔偿损失：
若一方因协议无效而遭受了损失，有权要求对方给予赔偿。
赔偿范围涵盖直接损失和间接损失。
比如，因协议无效导致生产停滞，由此产生的原材料积压损失、工人闲置的工资支出等直接损失，以及因无法按时交付产品而丧失的商业机会等间接损失，受损方都可要求对方赔偿。
3.折价补偿：
对于已经履行部分的投入，例如已完成的工程部分，应根据实际情况进行折价补偿。
结算时需充分考量双方实际情况和损失，严格依据法律规定，公平合理地处理，切实维护双方合法权益。

案情回顾:

小朱与小李签订内部承包协议，小朱收取小李每年10万元承包费，小李在承包期购置特定设备。后该协议被认定无效，争议点在于财产返还、损失赔偿及已投入部分如何处理。

案情分析:

1、关于返还财产，小朱应将收取的承包费全额返还小李，小李也应返还承包期间购置的特定设备。
2、若因协议无效一方有损失，如生产停滞产生的原材料积压、工人闲置工资支出及丧失商业机会等损失，受损方有权要求对方赔偿。
3、对于已履行部分投入，比如已完成工程部分，应按实际情况折价补偿，以维护双方合法权益。