当协议约定不明确时，可参照以下方式妥善处理：
1.协议补充：
当事人应积极通过友好协商，达成补充协议，从而将不明确的内容予以明确约定。
在协商过程中，双方需充分沟通、交换意见，全面考虑各种可能的情况。
补充协议一旦达成，便与原协议具有同等的法律效力，对双方均有约束力。
2.按照有关条款或者交易习惯确定：
若双方无法达成补充协议，可结合协议中的其他相关条款来推断不明确内容的含义。
同时，还可参照该类交易在行业内通常的做法来确定具体内容。
3.适用法律规定：
如果依据上述方法仍不能确定，就要根据不同的合同类型，适用《民法典》等相关法律中关于合同约定不明时的具体规定。
总之，遇到协议约定不明确的情况，当事人应首先尝试协商补充，协商不成再考虑其他方式。

案情回顾:

小朱与小李签订合作协议，合作开发软件，但协议中对软件的交付时间、验收标准不明确。双方先尝试协商补充协议，未达成一致。小朱主张按行业惯例确定，小李则认为应直接适用法律规定，双方产生争议。

案情分析:

1、双方应优先通过友好协商达成补充协议明确交付时间和验收标准，若能达成，补充协议与原协议有同等效力。但本案中双方协商未成功。
2、协商不成时，可结合协议其他条款或参照行业内交易习惯确定。小朱主张按行业惯例有一定合理性。
3、若按上述方法仍不能确定，就需适用法律规定，如相关质量、履行等方面的规定来确定具体内容。