若在签订合同时，未能将合同专用章正确地加盖在规定的位置，那么当需要办理注销手续时，首先应备齐相关文件资料，其中包括公司营业执照副本原件、法定代表人身份证明书以及印章销毁申请书等。
接下来，您需向当地的公安局提交正式的印章注销申请，并且详细叙述合同专用章的实际使用状况及其未能规范加盖在指定位置的具体原因。
待到公安局对您的上述申请进行详尽且合法的审查之后，将会批准您的请求，此时公安局也将会依法回收合同专用章并为其办理注销登记手续。

《印章治安管理办法》第十五条
印章停止使用后，使用单位应当在十日内将印章全部交回上级主管部门或登记管理机关封存；逾期不交的，由上级主管部门或登记管理机关予以收缴。单位撤销、名称改变或者换用新印章而停止使用原印章时，应当将原印章及时送交印章制发机关封存或者销毁，或者按公安部会同有关部门另行制定的规定处理。