在处理合同纠纷时，代理程序需遵循以下步骤：
首先，依据相关法律法规来确定代理人的资质条件；
其次，需与代理人签订详细的代理授权协议，确保协议中所载明的代理事宜符合法律法规并具有合法性，同时，还须对代理人的代理权限以及代理时间段予以明确规定，且协议必须由双方加盖单位公章或者个人签名或者按手印等正式文件形式加以确认。

《民事诉讼法》第五十八条，当事人、法定代理人可以委托一至二人作为诉讼代理人。下列人员可以被委托为诉讼代理人：
(一)律师、基层法律服务工作者;
(二)当事人的近亲属或者工作人员;
(三)当事人所在社区、单位以及有关社会团体推荐的公民。