在签署一份协议书之时，决定甲乙双方的签名使用何种方式（即用公司名义或是个人名义）依赖于协议的主体是哪个机构或者团体。若是以公司作为协议的主角，须得考察协议所涉及到的权利和义务皆由该公司承担。因此，在签订协议书的时候，应确保加盖公司的公章并且签署者需得到法定代表人或法人授权书之认可。

《中华人民共和国民法典》第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。