当款项未明确约定针对哪个合同时，确实容易引发合同履行方面的争议。
以下是应对这种情况的具体方法：
1.审查相关合同与文件：仔细查看双方之间是否还有其他与该款项有关的合同或者文件，从中寻找能确定款项归属的线索。
比如一些补充协议、备忘录等，可能会对款项的用途有相关说明。
2.依据多因素判断：若存在两个或多个可能相关的合同，就需要综合多方面因素分析。
除了合同签订时间外，还要看合同内容与款项的关联性。
比如某个合同对款项的使用范围、支付方式等规定得更详细、更契合实际情况，那么该合同更有可能是款项对应的合同。
3.协商或寻求司法途径：若还是无法明确判断，双方可以心平气和地协商，争取达成一致意见。
若协商不成，就只能寻求司法途径，让法院根据具体的事实和证据来认定款项对应的合同。
总之，这种情况存在法律风险，要及时处理明确合同关系。

案情回顾:

小朱与小李之间有多份合同，小朱向小李支付了一笔款项，但未明确约定该款项针对哪个合同，双方就此产生争议，小李认为款项对应合同A，小朱则认为对应合同B。

案情分析:

1、应审查相关合同与文件，查看双方是否有补充协议、备忘录等，从中寻找能确定款项归属的线索，比如是否有对该款项用途的相关说明。
2、若存在多个可能相关合同，需依据多因素判断。综合合同签订时间、内容与款项的关联性等分析，如某合同对款项使用范围等规定更契合实际，则可能是对应合同。
3、若仍无法明确判断，双方可协商，协商不成则寻求司法途径，由法院根据事实和证据认定款项对应的合同。