合作协议是否生效，需要从多个方面进行综合判断：
1.法定生效要件：协议双方应当具备相应的民事行为能力，能够独立实施民事法律行为。
同时，双方的意思表示必须真实，不存在欺诈、胁迫等导致意思不真实的情况。
此外，协议内容不能违反法律法规的强制性规定，这是协议生效的基本前提。
2.签字或盖章：在协议内容合法合规的基础上，双方签字或盖章后，一般情况下协议即生效。
这表明双方对协议内容达成一致并愿意受其约束。
3.特殊程序：某些特殊类型的合作协议，还需要经过特定的审批、登记等程序才生效。
例如涉及土地等不动产的合作协议，必须按照相关规定完成相应程序，才能确保协议的法律效力。
若协议存在意思表示不真实的情形，可能会被认定为无效或可撤销。
因此，确定合作协议的生效与否，需综合考虑各种因素，不可简单定论。

案情回顾:

小朱与小李签订合作协议，小朱主张协议无效，争议点在于协议是否生效。小朱称签订时小李存在欺诈行为致其意思表示不真实，且协议涉及不动产但未完成相关登记程序；小李则认为双方已签字，协议应生效。

案情分析:

1、关于法定生效要件，若小朱能证明小李欺诈，使其意思表示不真实，那么协议可能因不符合法定生效要件而无效。
2、虽双方签字，但存在意思表示不真实及未完成特殊程序问题，仅签字不能确保协议生效。
3、因涉及不动产，未按规定完成登记程序，此合作协议可能不具备法律效力。