在处理股东协议无效并要回相关利益的问题时，可参考以下方法：
1.明确无效原因：
要仔细分析股东协议被认定无效的具体缘由。
比如，可能是协议内容违反了国家的法律法规，像某些条款涉及非法经营活动；也可能是违背了公序良俗，例如协议存在损害公共利益、违背社会道德风尚的情形等。
只有清晰明确无效原因，才能为后续处理提供依据。
2.协商解决：
主动与其他股东进行友好协商，争取达成一致意见。
可以要求对方返还因协议无效而获取的利益，或者共同协商如何妥善处理后续的相关事宜，比如公司运营的调整等。
3.法律途径：
若协商无法达成共识，可向法院提起诉讼。
在此过程中，要认真准备好各类相关证据，像完整的协议文本、双方之间的往来函件等，这些证据能够有力证明协议的真实存在以及其无效的事实。
法院会综合各种情况作出公正判决，要求对方返还相关财产或承担对应责任。
4.损失赔偿：
在主张要回利益时，还可同时要求对方对因协议无效给自己带来的损失进行赔偿，包括实际的经济损失以及可能存在的声誉损失等。
总之，需结合具体情况，选择恰当方式要回相关利益。

案情回顾:

小朱、小李、小胡三人签订股东协议后，小朱发现协议部分条款涉及非法经营活动，主张协议无效并要回相关利益。小李与小胡认为协议有效，双方产生争议，协商不成，小朱遂向法院起诉。

案情分析:

1、该股东协议因涉及非法经营活动，违反法律法规，符合协议无效的法定情形，此无效原因明确。
2、小朱与小李、小胡协商不成的情况下，选择诉讼途径是合理的维权方式。
3、小朱向法院起诉时，应准备好协议文本等相关证据，以支撑协议无效的主张。
4、若法院判定协议无效，小朱还可要求小李、小胡赔偿因协议无效给自己带来的经济和声誉损失。