关于两人签订的合同协议的法律效力，有以下要点：
一、具备法律效力的条件
1.合同双方需有相应民事行为能力。
这意味着双方能够自主、独立地表达自己的意愿，清楚知晓签订合同的意义和后果，能对自己的行为负责。
2.合同内容必须合法。
不能违背法律法规的强制性规定，像涉及违法犯罪活动的合同，如贩毒、走私等相关合同，肯定是无效的。
3.签订合同需是双方真实意思表示。
不存在欺诈、胁迫等不当情形，确保双方是在平等、自愿的基础上达成协议。
若满足上述条件，合同协议通常有效，双方应按约定履行义务，否则要承担违约责任。
二、存在瑕疵的情况
合同若存在瑕疵，如格式条款不合理等，可能影响部分效力，但不一定完全无效。
具体要根据实际合同内容及相关法律规定判断，比如某些格式合同中不合理的免责条款，可能会被认定无效，但不影响其他条款的效力。

案情回顾:

小朱与小李签订了一份合作协议，小朱认为协议有效应按约定履行，小李却称协议存在瑕疵无效。争议点在于双方是否具备民事行为能力、内容是否合法及是否为真实意思表示，且协议中部分格式条款是否合理。

案情分析:

1、关于民事行为能力，若小朱和小李均为完全民事行为能力人，能独立表达意愿并对行为负责，则满足该条件。
2、合同内容方面，若不涉及违法犯罪等违反法律法规强制性规定的内容，即为合法。
3、真实意思表示上，若不存在欺诈、胁迫等情形，双方平等自愿签订，则符合要求。
4、对于格式条款，若存在不合理免责条款等瑕疵，可能影响部分效力，但不一定导致整个协议无效。