当宅基地合同被认定无效后，一般会按照以下几种方式进行妥善处理：
一、返还财产
在宅基地合同无效的情况下，合同当事人有义务将依据该无效合同所取得的财产归还给对方。
比如说，在宅基地转让过程中，一方已经向另一方支付了相应的转让款，那么收款方就应当将这笔转让款全额退还给付款方。
另外，如果其中一方已经实际占有了该宅基地，就需要将对宅基地的占有权返还给原所有人，恢复到合同签订前的状态。
二、折价补偿
当出现不能返还或者没有必要返还财产的情况时，就需要进行折价补偿。
例如，在宅基地上已经进行了一定规模的建设，并且这些建设由于各种原因无法恢复到原来的状态，比如已经建成了房屋等永久性建筑。
这种情况下，就需要根据实际情况，对已建设部分进行合理的价值评估，然后按照评估价值给予相应的补偿。
三、赔偿损失
如果合同无效是由于一方存在过错导致的，那么有过错的这一方应当对另一方因此而遭受的损失进行赔偿。
比如，一方在签订合同时故意隐瞒了宅基地的一些重要信息，像宅基地存在权属争议或者即将被征收等情况，从而导致合同最终被认定无效，给对方造成了经济损失，那么隐瞒信息的这一方就需要承担相应的赔偿责任。
若双方都有过错，则需各自承担相应的责任。
四、特殊情况处理
鉴于宅基地具有特殊性质，在处理相关问题时，还必须严格遵循相关的土地管理法规和政策。
一般会由相关部门介入进行协调处理，以确保最终的处理结果符合土地利用和管理的要求，维护土地资源的合理利用和各方的合法权益。

案情回顾:

小朱与小李签订宅基地转让合同，小朱支付转让款后，小李交付宅基地。后该合同被认定无效，争议点在于如何处理相关事宜，包括转让款、宅基地占有及已建设部分等。

案情分析:

1、返还财产方面，小李应将转让款全额退还小朱，小朱需将宅基地占有权归还小李，恢复合同签订前状态。
2、若宅基地上有永久性建筑等不能返还或没必要返还财产情况，需对建设部分评估价值，进行折价补偿。
3、若合同无效因一方过错导致，如一方隐瞒重要信息，过错方需赔偿对方损失；双方都有过错，则各自担责。
4、因宅基地特殊性，相关部门会介入协调，确保处理符合法规政策。