建设工程施工合同无效但其违约条款仍有效。合同无效的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力，争议解决条款涉及的范围主要是：违约责任，合同解除权，损害赔偿，合同争议的诉讼法院等，因此，合同无效，但合同中违约条款仍有效。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第五百零七条，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。