医院医疗赔偿纠纷的处理如下：
1、患者可先与医院协商解决赔偿问题，协商解决后应当制作协议书并由双方签字。
2、双方协商不成的，患者可以向卫生行政部门提出调解申请，卫生行政部门应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据相关规定计算赔偿数额。
3、调解不成的，患者可直接向人民法院提起诉讼。

《医疗纠纷预防和处理条例》第二十二条
发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：
双方自愿协商；
申请人民调解；
申请行政调解；
向人民法院提起诉讼；
法律、法规规定的其他途径。