发生医疗纠纷处理的程序有：1、双方自行协商解决；2、卫生行政部门的处理，医疗事故发生后，当事人可申请卫生行政部门处理，对符合医疗事故处理条例规定条件的，卫生行政部门应及时受理;对需要进行医疗事故技术鉴定的应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；3、诉讼解决，指通过法院的审理来解决医疗事故纠纷。《医疗纠纷预防和处理条例》第二十二条规定，发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：(一)双方自愿协商；(二)申请人民调解；(三)申请行政调解；(四)向人民法院提起诉讼；(五)法律、法规规定的其他途径。

《医疗事故技术鉴定暂行办法》第十一条协商解决医疗事故争议涉及多个医疗机构的，应当由涉及的所有医疗机构与患者共同委托其中任何一所医疗机构所在地负责组织首次医疗事故技术鉴定工作的医学会进行医疗事故技术鉴定。医疗事故争议涉及多个医疗机构，当事人申请卫生行政部门处理的，只可以向其中一所医疗机构所在地卫生行政部门提出处理申请。