合作医疗和职工医保的区别为：
1、覆盖对象不同，职工医疗保险是城镇所有用人单位，包括企业机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，都要参加。新农合必须有农村户口才可以办理。
2、缴费主体不同，职工医疗保险是指国家通过立法强制规定；新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
3、缴费方式不同。

《社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。