医疗事故鉴定程序主要包括以下几个环节：首先，需由相关的当事人或卫生行政管理机构主动提出申请，进行鉴定委托;
其次，经过医学会审核通过并受理之后，要求当事人提供必要的材料进行核实;
第三步，在专家鉴定组负责人的主导下召开鉴定会议，各方当事人必须按照约定按时出席，并且完整阐述自身的观点和论据，解答相关质询询问;
第四步，鉴定会议进入专家讨论阶段，根据参与鉴定的半数及以上专家学者一致意见最终形成鉴定结论;
最后，经过集体商议决定的鉴定结论，需要由所有参与鉴定的专家成员进行签署确认，同时对于鉴定结果中存在的分歧意见也应详实注明。

《医疗事故技术鉴定暂行办法》第三十三条
鉴定由专家鉴定组组长主持，并按照以下程序进行：
（一）双方当事人在规定的时间内分别陈述意见和理由。陈述顺序先患方，后医疗机构；
（二）专家鉴定组成员根据需要可以提问，当事人应当如实回答。必要时，可以对患者进行现场医学检查；
（三）双方当事人退场；
（四）专家鉴定组对双方当事人提供的书面材料、陈述及答辩等进行讨论；
（五）经合议，根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论。专家鉴定组成员在鉴定结论上签名。专家鉴定组成员对鉴定结论的不同意见，应当予以注明。