发生医疗事故但是医院不承认的，处理如下：
1、可以根据规定提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门处理。
2、对该处理决定不服的，双方当事人可以在接到处理通知书之日起十五日内，向所在省、自治区或直辖市卫生行政部门申请复议，亦可直接向人民法院起诉。

《医疗纠纷预防和处理条例》第二十二条
发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：
双方自愿协商；
申请人民调解；
申请行政调解；
向人民法院提起诉讼；
法律、法规规定的其他途径。