手术三年后还能否做医疗事故鉴定，需要看具体的情况。当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。如果患者死亡的，为死亡后一年内应当提出鉴定申请;如损害结果在多年后发现，自发现后起算一年，但超过20年的法院将不保护。