在微信诽谤罪立案后，恐将导致以下几方面的不良后果：首先是被告人自身，可能因此面临由刑事审判机构裁决的严惩，刑罚种类多样，如有期徒刑、拘役或者管制；
其次，诽谤罪在原则上原本属于自诉案件范畴，需经被害人告诉申诉才能启动法律程序，然而对于那些严重损害社会秩序以及国家整体利益的情节，则不适用这一规定。

《中华人民共和国刑法》第二百四十六条
【侮辱罪、诽谤罪】以暴力或者其他方法公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
前款罪，告诉的才处理，但是严重危害社会秩序和国家利益的除外。
通过信息网络实施第一款规定的行为，被害人向人民法院告诉，但提供证据确有困难的，人民法院可以要求公安机关提供协助。