对于未能及时对过期药品进行撤柜处理而产生的违法行为所应采取的惩罚措施包括：
首先是要依法收缴非法制造与销售的药物以及违法所得款项；
其次依据药物实际价值的金额，做出相应的罚款决定。当违规情况极其严重时，将依法下令强制其停滞营业活动，甚至可能暂停其生产经营的资格，直到吊销其所持有的药品批准证明文件、药品生产许可证书、药品经营许可证书或医疗机构制剂许可证书为止。

《中华人民共和国药品管理法》第一百一十七条
生产、销售劣药的，没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处违法生产、销售的药品货值金额十倍以上二十倍以下的罚款；违法生产、批发的药品货值金额不足十万元的，按十万元计算，违法零售的药品货值金额不足一万元的，按一万元计算；情节严重的，责令停产停业整顿直至吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或者医疗机构制剂许可证。
生产、销售的中药饮片不符合药品标准，尚不影响安全性、有效性的，责令限期改正，给予警告；可以处十万元以上五十万元以下的罚款。