营运车辆的停运损失起诉流程如下：
①收集关键证据：需认真收集车辆行驶证，这是证明车辆合法营运的重要依据；还有营运许可证，它能体现车辆具备营运的资格。
同时，要妥善保留停运期间的各类费用凭证，像车辆出租的租金凭证，以及因车辆停运而不得不支付的员工工资单等，这些都是实际经济损失的有力证明。
②精心撰写起诉状：在起诉状中，要清晰明确地提出诉讼请求，具体说明要求赔偿的停运损失的金额数值。
并且要详细阐述起诉的事实和理由，其中要明确车辆具体的停运时间，以及导致停运的原因等情况。
③提交相关材料：将撰写好的起诉状以及收集到的所有相关证据，一并提交给有管辖权的法院。
并且要按照法院的要求，及时缴纳诉讼费用。
④开庭审理阶段：法院受理后，会合理安排开庭审理的时间。
在庭审过程中，双方要进行举证质证，各自出示对自己有利的证据，并进行充分的辩论。
⑤法院判决：最后，法院会根据庭审中查明的事实以及相关的法律规定作出判决。
如果法院支持原告的诉讼请求，就会判决被告赔偿相应的停运损失。

案情回顾:

小朱驾驶营运车辆与小李发生交通事故，小朱车辆停运。小朱起诉小李要求赔偿停运损失，但对停运损失金额及证据有效性存在争议，如小朱提供的员工工资单小李质疑真实性。

案情分析:

1、收集关键证据方面，小朱应确保车辆行驶证、营运许可证真实有效，停运期间费用凭证要完整且能真实反映损失，否则可能不被法院认可。
2、撰写起诉状时，小朱需明确合理的停运损失金额，阐述清楚停运时间及原因，否则诉讼请求可能不被支持。
3、提交材料要符合法院要求，按时缴费，否则可能影响案件进程。
4、庭审中要有效举证质证，辩论有力，以争取法院支持。
5、法院会依据事实和法律作出公正判决。