合作社的法人会有以下法律风险：劳动法方面的风险；构成表见代理行为的风险；内部管理制度不健全；合同签订效力问题等。农民专业合作社对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产享有处分权，并以该财产来对其债务承担责任。

《中华人民共和国农民专业合作社法》第五条
农民专业合作社依照本法登记，取得法人资格。
农民专业合作社对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产，享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任。
第六条
农民专业合作社成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对农民专业合作社承担责任。