关于二婚同居双方签订的协议是否生效的问题，需要根据具体情况来分析，以下为你详细阐述：
一、财产方面协议的效力
在财产方面，如果双方签订的协议是真实意思的体现，即不存在欺诈、胁迫等违背真实意愿的情况，同时也不违反法律法规的强制性规定，比如不能约定逃避税收等违法内容，并且不违背公序良俗。
例如，不能约定将财产用于非法活动等。
而且，协议需对同居期间财产的归属，如哪些财产属于一方个人所有、哪些属于双方共同所有；财产的使用方式，如共同财产用于哪些生活开支等；财产的处分，如重大财产处置需双方协商一致等作出明确的约定。
满足这些条件的财产协议，一般是有效的，像常见的约定各自财产归各自所有这种情况，只要符合上述要求就是有效的。
二、涉及身份关系等协议的效力
若协议内容涉及到类似夫妻身份关系的认定，或者抚养等本应由法律明确规定的事项，这类协议通常是无效的。
因为身份关系是由法律来规范和调整的，不能通过私下协议随意约定。
比如，不能通过协议自行认定双方具有夫妻身份，婚姻关系的成立需要经过法定的登记程序。
判断协议是否生效，关键在于协议内容是否符合法律规定和公序良俗。
若对协议效力存在疑问，建议咨询专业律师或通过司法途径进行确认。

案情回顾:

小朱和小李均为二婚，同居期间签订了一份协议。协议中对财产归属、使用及处分有明确约定，但也约定双方自协议签订起视为夫妻关系。之后两人因感情不和分开，对协议效力产生争议，小朱认为协议有效，小李则认为部分无效。

案情分析:

1、关于财产方面协议，若该部分是双方真实意思体现，不存在欺诈、胁迫，不违反法律法规强制性规定和公序良俗，且对财产归属、使用、处分等约定明确，那么财产协议部分一般是有效的。
2、涉及身份关系认定部分，因身份关系由法律规范调整，不能通过私下协议随意约定，所以协议中关于认定双方具有夫妻身份的内容是无效的。