孩子抚养权协议书是可以进行公证的，下面为你做详细阐述：
一、公证的意义
公证是一项具有重要法律意义的活动。
公证机构会依据自然人、法人或者其他组织的申请，严格按照法定程序，对民事法律行为、有法律意义的事实以及文书的真实性与合法性进行证明。
对于孩子抚养权协议书而言，公证能起到增强其证明力和公信力的作用。
在现实生活中，当涉及到孩子抚养权的相关事宜时，经过公证的协议书更容易被各方认可和接受，能为孩子的成长和权益保障提供更坚实的基础。
二、公证的流程
进行孩子抚养权协议书公证时，一般需要双方当事人做好充分准备。
首先，要携带好身份证、户口本等能证明自身身份的材料，若存在离婚协议，也需一并带上，当然，最重要的就是抚养权协议书。
然后，双方一同前往当地的公证处提出公证申请。
公证人员接到申请后，会仔细审核提交的各类材料，认真确认双方的身份信息，同时核实双方对于抚养权相关内容的意思表示是否真实、明确等。
只有在所有条件都符合要求的情况下，公证机构才会出具公证书。
三、公证的效力
经公证的抚养权协议书在法律层面具有较高的证据效力。
假如日后因为孩子抚养权问题产生了纠纷，这份公证书就能够作为十分有力的证据在诉讼过程中使用。
不过需要明确的是，即使没有进行公证，只要抚养权协议书本身是合法有效的，同样具备法律效力，依然能够对双方当事人产生法律约束力。

案情回顾:

小朱和小李离婚后，就孩子抚养权签订了协议书。小朱认为应进行公证增强证明力，小李觉得不公证也有法律效力，双方为此产生争议，后小朱自行前往公证处申请公证，公证人员要求双方共同申请，小朱称小李不配合，此情况该如何处理？

案情分析:

1、公证的意义在于增强协议书的证明力和公信力，在涉及抚养权相关事宜时，经公证的协议书更易被认可，能为孩子权益保障提供基础，小朱希望公证有一定合理性。
2、公证流程要求双方共同申请，小朱单方申请不符合规定。且即使不公证，只要协议书合法有效，对双方也有法律约束力，小李观点有法律依据。