在哺乳期女方申请离婚时，孩子抚养权的判定通常会遵循一定原则，具体如下：
一、两周岁以下子女一般判给女方
哺乳期的孩子还处于年幼阶段，身心发育尚未成熟，对母亲的依赖程度较高。
母亲的照料和喂养对于孩子的成长至关重要。
从有利于子女身心健康、保障子女合法权益的角度出发，法院在大多数情况下，会将两周岁以下子女的抚养权判归女方。
这是基于孩子在这个阶段的生理和心理需求所做出的考量。
二、特殊情况抚养权可能判给男方
当然，也存在一些特殊情形。
若女方患有久治不愈的传染性疾病，如艾滋病、梅毒等，或者患有其他严重疾病，另外，如果女方有抚养条件却不尽抚养义务，例如对孩子疏于照顾、不关心孩子的生活和成长，而男方有抚养意愿且要求子女随其生活，法院也可能根据实际情况，将抚养权判给男方。
总体而言，法院在判定抚养权时，会全面综合考虑父母双方的抚养能力、抚养条件以及孩子的具体情况等多方面因素，从而确定最有利于孩子成长的抚养安排。

案情回顾:

小朱与小李在哺乳期时，小朱作为女方申请离婚，双方就孩子抚养权产生争议。小朱认为孩子年幼需母亲照料，应归自己；小李则指出小朱患有传染性疾病，对孩子成长有威胁，抚养权应归自己。

案情分析:

1、一般情况下，两周岁以下子女身心发育不成熟，依赖母亲，从有利于孩子身心健康角度出发，抚养权通常会判归女方小朱，因母亲照料和喂养对孩子成长至关重要。
2、但小李指出小朱患病若属实且可能威胁孩子健康，或小朱有抚养条件却不尽抚养义务，而小李有抚养意愿，法院可能综合考虑将抚养权判给小李。