女方有外遇离婚的不影响孩子抚养权的确定。如果双方能够自行协商的，则根据双方协商的结果确定孩子抚养权的归属；如果无法协商的，则由法院按照以下标准判决：
一、孩子不满两周岁的一般判给女方；孩子已满两周岁的，则人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
二、如果孩子不满两周岁，但女方存在以下情况的，则孩子抚养权会判给男方：
（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；
（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。

《民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。