在处理离婚起诉但结婚证在对方手中的情况时，可按以下步骤操作：
1.首先前往婚姻登记机关开具婚姻关系证明。
婚姻登记机关通常会保存婚姻登记的档案记录，工作人员会对档案进行查询。
只要档案中存有相关记录，他们就会依据档案内容为你出具婚姻关系证明。
这一证明是后续办理离婚诉讼的重要依据之一。
2.若婚姻登记机关的档案不幸遗失或损毁，也不必担心。
婚姻登记机关会根据自身的档案管理权限，在其婚姻登记档案中查找并复印婚姻登记记录。
复印完成后，会加盖婚姻登记档案管理部门的印章，以确保其有效性和权威性。
3.当你拿到婚姻关系证明或者复印的婚姻登记记录后，便可以向法院提起离婚诉讼，此时无需再提交结婚证。
法院在受理案件时，会依据这些证明材料来认定你们的婚姻关系。
总之，即便结婚证在对方手中，也可通过上述途径获取相关证明，顺利办理起诉离婚事宜。

案情回顾:

小朱与小丽感情破裂，小朱欲起诉离婚，但结婚证在小丽手中。小朱前往婚姻登记机关开证明，机关档案记录完整，为其出具婚姻关系证明。但小朱认为机关应加盖特殊印章才更具效力，双方就此产生争议。

案情分析:

1、婚姻登记机关依据档案记录出具婚姻关系证明符合规定，该证明可作为离婚诉讼重要依据，无需额外加盖特殊印章。只要档案记录真实有效，证明就具有相应法律效力。
2、小朱的诉求缺乏法律依据，婚姻登记机关按正常程序操作，提供的证明已能满足法院认定婚姻关系的需要，小朱应认可该证明效力并依此提起离婚诉讼。