关于持有遗嘱超过两年的情况，具体的处理方式可参考以下要点：
一、确认遗嘱效力
判断遗嘱是否符合法定形式和实质要件至关重要。
自书遗嘱需遗嘱人完全亲笔书写，字迹清晰可辨，然后郑重地签上自己的名字，并准确注明年、月、日，以此确保遗嘱是遗嘱人真实意愿的体现。
代书遗嘱则要求有两个以上与遗产继承无利害关系的见证人在场见证，其中一人代书，注明年、月、日，并由代书人、其他见证人和遗嘱人签名。
只有满足这些条件，遗嘱才具备执行的基础，否则可能被认定为无效。
二、查看遗嘱内容及时效性
通常情况下，遗嘱本身并无严格的两年时效限制。
然而，若因遗嘱继承产生纠纷并打算提起诉讼，就必须关注诉讼时效问题。
依据相关法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
也就是说，从知道或者应当知道权利被侵害之日起三年内，相关人员应及时行使诉讼权利，避免因超过时效而丧失胜诉权。
三、执行遗嘱
若遗嘱经确认有效且不存在争议，那么就可严格按照遗嘱的内容，对遗产进行合理的分配和妥善的处理。
但要是存在争议，相关利害关系人可以先尝试通过友好协商的方式解决，若协商不成，还可寻求调解机构的帮助进行调解，若仍无法解决，就只能通过向人民法院提起诉讼的方式，由法院依法作出公正的裁决。

案情回顾:

小朱持有一份其父亲的代书遗嘱已超过两年，遗嘱指定遗产由小朱继承。但小李称该遗嘱见证人与遗产继承有利害关系，质疑遗嘱效力，双方产生争议。小朱欲按遗嘱执行，小李不同意，小朱考虑是否起诉。

案情分析:

1、关于遗嘱效力，此代书遗嘱若见证人确与遗产继承有利害关系，不符合“两个以上与遗产继承无利害关系的见证人在场见证”的法定要件，可能被认定无效。
2、若小朱因该遗嘱继承纠纷起诉，需注意三年诉讼时效。从小朱知道或应当知道权利被侵害之日起算，若超时效起诉，可能丧失胜诉权。
3、若遗嘱最终确认有效且无争议，按遗嘱分配遗产；若有争议，双方可先协商，协商不成可调解，调解不成可诉讼由法院裁决。