以下是针对这种情况的详细分析和实用建议：
一、确定债务性质
明确被继承人生前债务的性质至关重要。
个人债务与共同债务的界定直接关系到责任承担方式。
如果是个人债务，应以其遗产实际价值为限来清偿。
比如，被继承人生前因个人消费产生的债务，就属于个人债务。
当遗产已被继承时，继承人需在继承遗产的范围内承担偿还责任。
二、保留已还款的证据
在已经偿还债务的情况下，收集和整理还款相关证据是关键。
常见的证据包括转账记录，它能清晰显示还款的金额和时间；收条，由债权人出具，表明已收到还款；还款协议，明确双方关于还款的约定等。
这些证据能有力证明债务已经清偿。
三、积极应对诉讼
接到起诉后，要积极行动。
及时向法院提交已还款的证据材料，并进行认真答辩。
在答辩过程中，要详细、清晰地向法院说明还款的事实，包括还款的具体时间、地点、方式等经过，以及支撑还款事实的相关依据。
四、等待法院裁决
法院会依据双方提交的证据和陈述展开审理。
若你提供的证据充分、真实有效，法院通常会认定债务已清偿，进而驳回对方的诉讼请求。

案情回顾:

小朱继承了父亲的遗产，父亲生前有一笔债务。债权人小李认为小朱应全额偿还，小朱则称应按遗产实际价值为限偿还，且自己已偿还部分债务但未保留好证据，小李遂将小朱起诉至法院，双方就债务性质及还款情况产生争议。

案情分析:

1、关于债务性质，若父亲的债务为个人债务，如因个人消费产生，小朱应在继承遗产范围内承担责任，如继承10万房产，有5万个人债务，就用房产价值偿还5万。
2、小朱未保留好还款证据是不利之处，常见还款证据如转账记录、收条、还款协议等能证明债务已清偿。
3、小朱接到起诉应积极应对，向法院提交证据并认真答辩，说明还款事实及依据。
4、法院会依据证据审理，若小朱证据充分，法院会认定债务已清偿，驳回小李诉讼请求。