婚内协议约定房产份额的有效性问题，需要我们明晰相关要点：
1.有效情形：一般来说，婚内协议约定房产份额是有效的。
前提是该协议必须是夫妻双方真实意思的体现，不存在欺诈、胁迫等情况。
同时，不能违反法律、行政法规的强制性规定，比如不能违反关于房产交易的相关法律法规，也不能违背公序良俗，像不能以不合理的方式剥夺一方的基本居住权利等。
2.法律依据：从法律角度出发，夫妻对共同财产拥有平等处理权，婚内协议就是对共同财产处置的一种约定形式，体现了双方对财产的自主安排。
3.特殊情况：若房产是一方的个人财产，仅约定份额可能存在效力瑕疵。
比如婚前一方全款购买的房产，这种情况下约定份额需根据具体情况判断。
4.注意事项：为确保协议有效，应明确约定的内容、双方权利义务及违约责任等。
若出现纠纷，可协商解决，协商不成则通过诉讼等方式解决。

案情回顾:

小朱与小李是夫妻，婚后二人签订婚内协议约定房产份额。小朱认为协议有效，小李却以房产是其婚前全款购买为由，主张协议中关于房产份额的约定无效，双方因此产生争议。

案情分析:

1、若该协议是双方真实意思体现，不存在欺诈、胁迫，且不违反法律、行政法规强制性规定和公序良俗，如未不合理剥夺一方基本居住权等，一般是有效的。
2、房产若为小李婚前个人财产，仅约定份额可能存在效力瑕疵，需根据具体情况判断协议效力。
3、为确保协议有效，应明确约定内容、双方权利义务及违约责任等。若有纠纷，可先协商，协商不成可诉讼解决。