夫妻双方若因感情不和分居满两年后想要离婚，可选择的方式有两种，且办理手续各有不同，下面为您详细介绍：
1.协议离婚：
首先，夫妻双方需要针对诸多关键问题进行深入沟通并达成一致意见。
这些问题涵盖了离婚本身、子女的抚养安排，比如子女由哪一方直接抚养、抚养费的数额及支付方式、探视权的具体规定等；还有财产的分割，包括夫妻共同财产的范围界定、具体的分配方案等。
在协商一致后，双方要签订一份书面的离婚协议，将各项约定明确记录下来。
接着，夫妻双方要共同前往一方常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记手续。
办理完成后，会进入30天的离婚冷静期。
在冷静期结束后，双方需亲自再次前往婚姻登记机关申请发给离婚证。
2.诉讼离婚：
若夫妻双方无法通过协商达成一致，其中一方可以向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。
起诉时，需要提交起诉状，清晰陈述离婚的诉求和理由，同时还要提供相关证据材料，特别是能够证明分居满两年的证据，例如双方签订的分居协议、各自的房屋租赁合同等。
法院在受理案件后，会依照法定程序进行审理。
如果法院经过审查认定夫妻感情确已破裂，且存在分居满两年等符合法定离婚情形的情况，一般就会判决准予离婚。

案情回顾:

小朱和小李是夫妻，因感情不和分居满两年后欲离婚。小朱主张协议离婚，要求分割财产并确定子女抚养问题，但小李对财产分割有异议，协商不成。小朱遂向法院提起诉讼离婚。

案情分析:

1、对于协议离婚，双方需就离婚、子女抚养、财产分割等关键问题协商一致并签订书面协议，再共同到婚姻登记机关办理登记，经离婚冷静期后领离婚证。本案中双方未协商一致，无法协议离婚。
2、诉讼离婚时，起诉方需提交起诉状及证明分居满两年等相关证据。法院受理后依法审理，若认定夫妻感情破裂且符合法定离婚情形会判离。本案小朱起诉，若能提供分居证据，法院可能判离。