通常来讲，要是夫妻分居达到了三年，并且起诉离婚两次的话，那法院极有可能会作出离婚的判决。
依照法律的相关规定，当夫妻因为感情不和而分居满了两年，并且经过调解依旧无效时，就应当准许离婚。
起诉两次一般能说明双方之间的矛盾已经比较深了，调解很难让双方达成一致意见。
不过，法院在判决离婚的时候，还是得综合多方面的因素来考量，比如双方的感情状况究竟如何，有没有哪一方存在过错之类的。
要是有确切的证据能够证明感情确实已经破裂了，像其中一方有重婚行为，或者对家庭成员进行虐待、遗弃等重大过错，又或者在分居期间另一方做出了严重伤害对方感情的举动等，这种情况下法院会更倾向于判决离婚。
然而，如果双方还有和好的可能，或者存在一些其他特殊的情况，那法院也有可能会判决不准离婚。
总之，虽然有分居三年并且起诉两次这样的情形存在，但最终到底会不会判决离婚，还得依据具体的案件实际情况来确定。