如果双方构成事实婚姻的，是不可以因为分居而自动解除的，应当通过诉讼方式解除。
(一)1994年2月1日以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。除非双方愿意补办结婚登记，否则只能到人民法院起诉离婚，离婚案件法院一般会在六个月内审结。
(二)1994年2月1日以后，男女双方符合结婚实质要件的，只能按照同居关系处理。双方不存在离婚的问题。关于子女和同居期间的财产分割问题，可以双方协商，协商不成的话，可以诉讼至法院解决。

《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）》第七条
未依据民法典第一千零四十九条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，提起诉讼要求离婚的，应当区别对待：
(一)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
(二)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其补办结婚登记。未补办结婚登记的，依据本解释第三条规定处理。