事实婚姻发生在1994年《婚姻登记办法》公布实施以前，除非双方愿意补办结婚登记，否则只能到人民法院起诉离婚。发生在《婚姻登记办法》公布实施以后，不存在离婚的问题。无需通过民政部门或者法院解除关系，自行解除即可。关于子女的抚养权，双方可以协商确定，协商不成的，可以请求法院根据实际情况判决。

《民法典》第一千零八十四条：
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。