办理房屋所有权证书并不必然涉及到补差价问题，然而在办理房产证的整个流程中，开发商方面可能会提出需要补足差额的要求，这一行为是否合法，需根据具体情况进行判断。
依据相关法律规定，若面积差异在3%以内，则允许购房者采取多退少补的方式处理；而当面积差异超过3%时，购房者有权选择申请退房。因此，有关此事的决策需充分考虑实际情况并按照标准程序进行操作。

《商品房销售管理办法》第二十条
按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：
（一）面积误差比绝对值在3%以内的，据实结算房价款；
（二）面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3%以内部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。