关于处理商品房预售合同纠纷的程序如下所述：若双方有明确约定的，应按照约定履行；如果未作明文规定的，协议则具有至上的法律效力；倘若无法达成共识，可选择向基层组织提出调解意向；在调解未能成功的情况下，可考虑向当地法院提起诉讼；在双方曾签署过仲裁协议或者仲裁条款的前提下，亦可向相关仲裁机构提交仲裁申请。
此外，当事人亦有权选择直接采取诉讼或仲裁的方式解决争议。

《民法典》第四百七十条合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：（一）当事人的姓名或者名称和住所；（二）标的；（三）数量；（四）质量；（五）价款或者报酬；（六）履行期限、地点和方式；（七）违约责任；（八）解决争议的方法。当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。《民事诉讼法》第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。