关于这一问题，我们可以采取两种途径进行解决——通过协商或诉诸法律。在商铺拒绝退还款项时，您可以尝试与其进行商议以寻求退款解决方案。在此过程中，双方需相互妥协，以达到减少因诉讼而产生的时间和经济成本的目的。若经过努力仍无法达成共识，那么您便可以考虑向法院提出诉讼。在诉讼中，您需要明确指出该机构违反合同约定所导致的损失，并请求法院裁定该机构应退还相关费用。
此外，您还可以要求其支付违约金或赔偿相应损失。
然而，请务必关注诉讼时效的问题，以免错过有效维权的机会。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。《民事诉讼法》第一百二十二条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。