关于农村房屋协议纠纷的处理，倘若六年后才采取行动，有可能触及到诉讼时效的法律限制。在一般的民事权利范畴内，诉讼时效设定为三年；
然而在某些特殊状况下，例如涉及房屋所有权归属的争端，则可能适用于长达二十年的长期诉讼时效。若争议所涉房屋的产权关系明确，而相关方未能在这六年间积极维护自己的权益，他们应当尽快寻求资深律师的协助，以确定是否还具备提起诉讼的资格。倘若诉讼时效已经逾期，那么法院很可能不再对当事人的胜诉权予以保障，除非另一方出于自愿主动履行义务。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以权利人的申请决定延长。