在面对农村房屋产权纠纷的案件审理过程中，法院应当秉持依法、合理的裁判精神进行公正裁决。在审理阶段，法院应当首先征询房屋管理部门的权威性建议和意见。若经主管部门批准，确认双方均有权共同拥有该房屋产权，则可依据相关法律规定，作出明确的判决，确定双方各自所占有的房屋产权比例。反之，若主管部门并未批准双方共同拥有该房屋产权，那么法院在审理过程中，便需要根据实际情况，明确划分出双方各自所占有的房屋份额，然后据此作出判决，将房屋产权归属权赋予具有合法宅基地使用权的一方当事人。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十五条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十五条
法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
《中华人民共和国民法典》第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。